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La Buona Sanità

Sequenziamento delle varianti Covid, il CQRC in vetta tra i laboratori italiani

Il Laboratorio tecnico per le emergenze di Palermo guidato dalla prof.ssa Di Gaudio ne ha prodotti 17.244, piazzandosi secondo dopo Telethon. In Sicilia in arrivo un rimborso complessivo di 3 milioni di euro per i sei centri.

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PALERMO. In Sicilia in arrivo un rimborso complessivo di 3 milioni di euro per i sei centri di riferimento per le varianti. Le aziende sanitarie riceveranno un ristoro pari a 100 euro per ogni sequenziamento effettuato con tecnica di nuova generazione Next generation Sequencing.

Un ristoro, derivante dal Ministero della Salute, per le indagini sui tamponi rinofaringei per la ricerca delle varianti del virus SARS-CoV-2. Le sequenze caricate dai centri di riferimento siciliani sulla piattaforma Icogene dell’Istituto Superiore di Sanità, dalla sua istituzione (aprile 2021) fino a metà novembre 2023, sono ben 27.669 ed altrettanto alti sono i corrispondenti numeri caricati sulla Banca dati genomica internazionale virale GISAID. Per la maggior parte dei sequenziamenti non sono stati sostenuti costi perché svolti con materiale già in possesso o fornito dalla protezione civile.

In Sicilia a fare la parte del leone è il Laboratorio tecnico per le emergenze in viale del Fante a Palermo che ha prodotto ben 17.244 sequenziamenti e si ritrova anche in vetta ai laboratori italiani: piazzandosi secondo dopo Telethon. La struttura è stata realizzata durante la pandemia dalla Protezione Civile, all’interno della U.O.C. Controllo Qualità e Rischio Chimico Biologico (CQRC), nelle ex cucine del Presidio CTO dell’Azienda Ospedaliera Villa Sofia-Cervello.

È grazie alla produttività conseguita che l’azienda ha ricevuto, a saldo, un ulteriore rimborso pari a 1.048.500,00 euro, per il saldo di 10.485 sequenze caricate in piattaforma nel periodo 2021 fino al 30 giugno 2023. Alla direzione della U.O.C. CQRC dell’A.O.O.R Villa Sofia-Cervello, c’è la professoressa Francesca di Gaudio (nella foto di Insanitas) che da anni in maniera sinergica, a titolo gratuito, è anche responsabile tecnico scientifico del Centro Regionale Qualità Laboratori (CRQ) dell’Assessorato della Salute, a supporto dell’azione da ormai cinque assessori.

Il CRQ ha anche supportato il Sistema Sanitario Regionale nel coordinamento dei centri di riferimento regionali, istituiti a luglio del 2021. La Di Gaudio ha curato gli aspetti organizzativi e tecnico scientifici, le delicate comunicazioni con il territorio, il Ministero della Salute, l’Istituto Superiore di Sanità (ISS) e con le altre Istituzioni coinvolte.

Un’attività che procede e per la quale c’è da parte del Ministero un monitoraggio continuo, corredato dalle Flash Survey mensili cui vengono chiamati a partecipare tutti i centri di riferimento regionali.

«L’U.O.C. Controllo Qualità e Rischio Chimico ha sequenziato un numero maggiore di campioni per ragioni legata alla sua nota alta capacità organizzativa- commenta la professoressa Di Gaudio- ma anche al collegamento con l’HUB della Fiera del Mediterraneo ed ai metodi di processamento che ha saputo sviluppare. Numerosi sono i riconoscimenti, in primis della Struttura Commissariale Nazionale, della Protezione Civile Sicilia, dell’Assessorato della Salute e della popolazione che ha trovato in periodo di Pandemia un laboratorio accogliente aperto 7 giorni su 7».

Un sequenziamento che è eseguito sui tamponi molecolari positivi e che arrivano dal territorio di competenza. «Questi- spiega la Di Gaudio- devono essere campionati secondo le casistiche stabilite dalle circolari del Ministero della Salute e con valore di Cycle Threshold<28″». Si tratta di un indice che misura la carica virale e che stabilisce il numero di cicli necessari a far rilevare al macchinario l’RNA virale. Anche un nuovo approccio metodologico è stato sperimentato dal laboratorio palermitano che ha messo a punto un sistema di sequenziamento a partire dal materiale genetico virale estratto dai buffer tamponi rinofaringei effettuati per i test antigenici rapidi.

«Questa scelta- commenta la professoressa Di Gaudio- è stata dettata dall’esigenza di poter mantenere alto il numero dei sequenziamenti, soprattutto quando il numero dei tamponi molecolari diminuiva drasticamente. Ciò non solo ha contribuito a garantire una buona sorveglianza epidemiologica sulla circolazione delle varianti del virus ma ha anche consentito di risparmiare sui costi e tempi dei prelievi rinofaringei e sullo smaltimento del materiale risultante dai tamponi in doppio (rapido per il tracciamento e molecolare per la ricerca delle varianti). Questo approccio metodologico ha garantito la stessa qualità del sequenziamento, così come validato dai sistemi di controllo qualità interni ed esterni e dal controllo QC della piattaforma dell’ISS. Il lavoro svolto è in corso di pubblicazione su una prestigiosa rivista internazionale».

I DATI DEI CENTRI DI RIFERIMENTO REGIONALI

Procedendo nell’analisi dei dati prodotti dalla Regione Siciliana, aggiornati al 20 novembre scorso, i sequenziamenti finora comunicati alla banca dati Icogene dell’ISS sono:

17.244 U.O.C. Controllo Qualità E Rischio Chimico (CQRC)- Laboratorio Tecnico Di Emergenza;
4.728 UOSD Gestione Centralizzata dei Laboratori- Laboratorio di Diagnostica Molecolare dell’Azienda Ospedaliero Universitaria G. Martino;
2.132 Istituto Zooprofilattico Sperimentale della Sicilia;
2.094 Laboratorio di riferimento regionale della Sicilia occidentale per l’emergenza Covid 19;
857 l’UOC Laboratorio Analisi ASPRG;
614 AOU Policlinico San Marco PO. G. Rodolico Catania.

I CENTRI DI RIFERIMENTO PER LA RICERCA DELLE VARIANTI

Come misura di prevenzione e sorveglianza al fine di poter mettere in atto azioni rapide di valutazione del rischio e misure di controllo, in Italia sono stati individuati circa cento laboratori, e in Sicilia ne sono stati istituiti sei, suddivisi tra Palermo, Catania, Messina e Ragusa.

Inizialmente i laboratori di riferimento regionale per le attività di sequenziamento del virus Sars-Cov-2 erano cinque, poi, a dicembre 2021, la rete, per aumentare il numero dei sequenziamenti nelle zone di Catania, Enna e Ragusa, è stata potenziata e ampliata con l’inserimento di un altro laboratorio a Ragusa, nel P.O. “Giovanni Paolo II”, appena fatta richiesta dal responsabile Carmelo Fidone, che comunicava “disponibilità di strumentazione e di risorse umane in grado di effettuare i protocolli di sequenziamento”.

Tre i centri creati in piena pandemia a Palermo: l’U.O.C. Epidemiologia Clinica dell’Azienda Ospedaliera Universitaria Paolo Giaccone, responsabile il professore Francesco Vitale; l’U.O.C. Controllo Qualità e Rischio Chimico Biologico (CQRC) dell’azienda Ospedaliera Villa Sofia Cervello, responsabile la professoressa Francesca Di Gaudio e l’Istituto Zooprofilattico Sperimentale della Sicilia A. Mirri, responsabile il dottore Fabrizio Vitale.

Altri due laboratori si trovano a Messina, UOSD Gestione Centralizzata dei Laboratori- Laboratorio di Diagnostica Molecolare dell’Azienda Ospedaliero Universitaria G. Martino, responsabile la professoressa Teresa Pollicino e l’altro a Catania, U.O.C. Patologia Clinica dell’Azienda Ospedaliera Universitaria Vittorio Emanuele – P.O. Gaspare Rodolico, responsabile il professore Guido Scalia.

I laboratori di tutte le province d’Italia sono coordinati dall’Istituto Superiore di Sanità, sotto la Direzione del dottoressa Anna Teresa Palamara, direttrice Dipartimento Malattie Infettive e della collaboratrice la dottoressa Paola Stefanelli che raccoglie le sequenze del genoma di SARS-CoV-2 nell’unica piattaforma nazionale denominata I-Co-Gen.

La piattaforma accetta dati di sequenziamento dell’intero genoma del virus e dati di sequenziamento della sola sequenza codificante la proteina Spike, ne controlla la qualità, restituendo la qualità al laboratorio conferente e riversa gli stessi in un archivio nazionale dotato di un sistema di allerta automatico che si attiva al momento dell’identificazione di nuove varianti di interesse specie se di interesse per la tutela della sanità pubblica.

L’attività di sequenziamento è regolata da documenti emessi dal Ministero della Salute che sono stati via via aggiornati in relazione alla situazione epidemiologica. L’ISS elabora e pubblica rapporti tecnici contenenti le statistiche di caratterizzazione genomica di SARS-CoV-2 a livello regionale e nazionale.

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